http://www.qownnotes.org/ 

Una aplicación escrita en Qt que se comunica con la aplicación de notas de tu servidor de OwnCloud. Permite gestionar las notas y escribirlas en formato Markdown con vista previa de las mismas. Buen complemento para las aplicación Owncloud Notes para Android (disponible en F-droid) que también funciona con Markdown. Estoy muy contento con la combinación.

Ahora solo falta que la aplicación añada clasificación basada en carpetas :)